Windows を利用している人は、ISPのメールサーバからPOPでメールを取得している人がほとんどではないでしょうか。ということは、POP Proxy として動作するベイジアンフィルタを利用することになります。つまり、クライアントでいったんメールを受信してから、スパムの振り分けを行うわけです。


Becky! Internet Mail プラグイン
Becky! をつかっている人には、プラグインがあります。開発者が日本人なので日本語の心配はありません。
BkASPil for Becky!2 総合案内


bsfilter
私が使ってみているベイジアンフィルタ。こちらも開発者は日本人です。私は鶴亀メールで用いています。もちろんメーラーは問わないので、Becky! その他の方も利用できます。Ruby のスクリプトですが、Windows用の実行ファイルもあり、これを使うと Ruby のインストールは不要で、設置も簡単でした。フォーラムで質問できます。
bsfilter / bayesian spam filter / ベイジアン スパム フィルタ


Mozilla メール
私はMozillaはつかっていますが、Mozillaメールはつかっていません。
Mozilla メールをつかっている人には、スパムフィルタ機能があります。
Mozilla スパムフィルタ機能


POPFile
POP Proxyとして動作。GPLライセンスです。日本語に対応しています。
こちらもためしてみたいと思っています。
POPFile ドキュメンテーション
POPFile の日本語化